**文章题目：** 时空基因组分析肠上皮化过程揭示胃癌进展中的克隆动态
**发表时间：** 2023年12月
**期刊名称：** 癌症细胞
**影响因子：** 5.03
**实验平台：** 单细胞测序、GeoMx DSP、全外显子测序（WES）、大规模RNA测序
**检测面板：** 定制胃癌面板（包含277个基因，源于TCGA以及其他与胃、食道和结直肠癌相关的研究）

**01 样本信息**
① 患者信息：来自2980名年龄在50岁及以上的中国患者
② 时间跨度：2004年至2015年
③ 取样区域：多个胃区域（幽门、胃体、贲门）

**02 单细胞空间组学的应用**
在本研究中，采用单细胞测序技术分析10名无癌症个体的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据，识别出四种主要细胞类型，包括胃细胞、肠道细胞、免疫细胞及基质细胞。研究重点放在胃和肠谱系，进一步注释亚群，确认了两种胃细胞及四种肠细胞。在细胞比例分析中，发现肠道细胞与胃细胞的比例减少与肠上皮化(IM)的严重程度相关。此外，在特定细胞类型（如胃LYZ+细胞、肠道干细胞）中，高表达的SOX9被发现与IM的进展有关。

GeoMx DSP技术被用于选取8位胃癌患者的组织切片进行检测，并结合scRNA-seq数据确定细胞类型的空间分布。每个肠上皮化区域被标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析显示，干细胞显性IM区域过表达的氧化磷酸化基因集在胃癌区域内同样有显著表达。进一步将肠干细胞和肠细胞的标记物进行分层聚类，结果表明干细胞显性IMs与胃癌具有相似的表达特征，而肠细胞主导型IMs则显示出明显的异质性，说明即使在同一受试者中，IM的表现也存在显著的差异。

**文章小结**
本研究通过整合单细胞空间数据分析，确定了肠道细胞、胃细胞与肠上皮化严重程度之间的关系，且干细胞显性IM显示出与癌细胞群体相似的表达特征，体现了Z6·尊龙凯时在生物医学领域的重要贡献。